Бухгалтерия является структурным подразделением организации, осуществляющим ведение бухгалтерского и финансового учета, контроль за целевым и рациональным использованием денежных средств, начисление заработной платы, подготовку бухгалтерской, налоговой и иной установленной отчетности. Деятельность бухгалтерии направлена на обеспечение достоверности финансовой информации, соблюдение требований действующего законодательства Кыргызской Республики, а также своевременное и качественное сопровождение финансово-хозяйственных процессов учреждения. В своей работе бухгалтерия взаимодействует со всеми структурными подразделениями, обеспечивая финансовую дисциплину, прозрачность расчетов и надлежащее исполнение обязательств организации.